Hơn 60% dân cư Berlin không đăng ký tôn giáo.[32] Hệ phái tôn giáo lớn nhất là Giáo hội Tin Lành tại Đức (EKD) chiếm 18,7% dân số năm 2010, theo sau là Công giáo chiếm 9,2%.[33] Khoảng 2,7% dân số theo các hệ phái Kitô giáo khác (chủ yếu là Chính thống giáo và các nhóm Tin Lành).[34]

Năm 2009 Berlin có khoảng 249.000 người Hồi giáo có đăng ký thành viên.[35] Giữa năm 1992 và 2011, dân số Hồi giáo tăng gần gấp đôi.[36] Có hơn 80 thánh đường Hồi giáo, 10 hội đường Do Thái giáo, và 2 ngôi chùa Phật giáo tọa lạc tại Berlin.